เรื่องหลังจากภาคแรก 3 ปีชูยะจัดตั้งกลุ่มกบฎและขึ้นเป็นผู้นำก่อการศึกกับพวกผู้ใหญ่ กฏ BR ถูกนำกลับมาใช้อีกทีแบบโหดเหี้ยมกว่าเดิม ชิโอริบุตรสาวของคุณครูคิตาโนะที่ถูกชูยะยิงตายไปเมื่อภาคที่แล้วอยากค้นหาคำตอบเลยไปสมัครเข้าเรียนในสถานที่เรียนซึ่งมีแต่พวกเด็กเหลือขอ แล้วเด็กกลุ่มนั้นก็ถูกคัดมาเล่นเกมชนิดเดียวกันกับพวกชูยะคือถูกพาตัวมาที่ค่ายจับสวมปลอกคอมีคุณครูริกิที่บุตรสาวตายด้วยเหตุว่าพวกชูยะก่อกบฏเป็นคนควบคุม เกมนี้แตกต่างจากภาคแรกคือให้จับมาแบบเป็นๆคู่ถ้าคู่ตายก็ต้องถูกระเบิดตายตามไปด้วยและไม่ได้ให้ล่ากันเองแม้กระนั้นให้ตามล่าชูยะกับพวกกบฏบนเกาะที่พวกชูยะซ่อนตัวอยู่ เกมนรก สถาบันพันธุ์โหด 2
เริ่มภารกิจแรกยังไปไม่ทันถึงเกาะก็เริ่มถูกกลุ่มของชูยะเล่นงานตาย แล้วหลังจากนั้นก็ตายอีกในขณะที่ไปเก็บลูกกระสุนปืนที่ถูกส่งลงมาจากเรือบิน พวกเด็กนักเรียนตัวหลักๆคือทากุกับพวกที่เหลือถูกพวกชูยะล้อมไว้ พวกชูยะใช้ระเบิดทำลายระบบและช่วยถอดปลอกที่เอาไว้ใส่คอ ริกิส่งทหารเข้าไปแม้กระนั้นพวกชูยะจัดการได้ ชูยะพูดจนถึงกลุ่มเด็กนักเรียนยอมเป็นพวกด้วย อยู่ๆสหรัฐฯก็ยิงขีปนาวุธลูกแรก นายกสั่งให้ริกิจัดการกวาดให้หมดทั้งยังเกาะริกิเองก็สวมปลอกคออยู่เช่นเดียวกัน ชูยะให้พวกเด็กนักเรียนหนีออกทางอุโมงค์ชิโอริไม่ยอมไปขออยู่ดูจนถึงวินาทีท้ายที่สุด ทากุกับสหายอีกสองคนกลับใจกลับมาสมทบกับชูยะ ริกิมาถึงบอกเรื่องที่ลูกถูกฆาตกรรมในเหตุการก่อกบฏระเบิดที่ปลอกที่เอาไว้ใส่คอริกิระเบิด ชิโอริถูกยิงบาดเจ็บถามชูยะก่อนตายถึงโนริโกะชูยะพูดว่าโนริโกะเป็นผู้ที่กล้าสบตาและยิ้มให้คนอื่นอย่างจริงใจ ชูยะกับทากุบุกออกไปก่อนที่ทั้งยังเกาะจะถูกกระหน่ำพวกทากุกับที่เหลือถูกประกาศว่าหายสูญ ทากุกับชูยะตามมาสมทบกับพวกที่เหลือและโนริโกะแล้วทั้งปวงก็รวมตัวกันเดินหน้าถัดไป
